Al haber empleado "había pensado" situándose la acción en el pasado no tiene sentido emplear el presente de subjuntivo "llegara", y luego volver al pretérito imperfecto de subjuntivo "sería".
"Llegara" hace referencia a que se ha hecho realidad, mientras que "había pensado" expresa que es posible pero no cierto, una suposición o deseo poco factible.
Quizás sería más correcta una estructura así: "Nunca pensé que llegara este momento", hablando desde el presente en todo momento, recordando mis pensamientos pasados y que este momento ha llegado.