Hola:
El arriba se dice cuando hablas acerca de posición de algo o alguien en un sitio.
Ej: En casa hay dos plantas: la primera donde está la cocina y la de arriba donde están las habitaciones.
Encima es sobre algo o alguien: encima de la mesa.
Sobre es preposición se dice que algo está escrito o puesto sobre algo. ej. Sobre el papel está escrita una frase.
A grandes rasgos, las diferencias son mínimas. No son tan grandes como parecen.