I agree with others. When you say '¿Sabes quién es ella?' you're asking if the other person knows about her, but if you say '¿La conoces?' (you don't need to say 'a ella') you want to know if the other person knows her personally, if they have met and spoken, or have been introduced. For example, a possible situation could be:
'¿Sabes quién es ella?' - 'Sí, es la jefa, pero no la conozco.'
Estoy de acuerdo con los demás. Cuando dices '¿Sabes quién es ella?' estás preguntando si la otra persona sabe algo de ella, pero si dices '¿La conoces?' (no necesitas decir 'a ella'), quieres saber si la otra persona la conoce personalmente, si se han encontrado y han hablado, o han sido presentados. Por ejemplo, una posible situación sería:
'¿Sabes quién es ella?' - 'Sí, es la jefa, pero no la conozco.'