Bon tout d'abord, il faut repérer le temps du verbe qui est ici: "comprendre". Dans la première phrase, le verbe est au présent. Tandis que dans la seconde, il est au passé composé.
Attention, lorsqu'on utilise la négation, c'est-à-dire "ne...pas" ou "n'... pas", il ne faut pas oublier le "ne" ou le "n'". Même si couramment on a tendance à l'oublier à l'oral.
En gros, il y a une petite nuance entre les deux phrase puisque la seconde est dans le passé mais renvoie au présent (tu n'as pas compris avant ce que la personne t'as dit, mais maintenant encore tu ne comprends pas.)
J'espère que j'ai pu t'éclairer un peu =)