Lo más común, cuando uno habla del momento presente o el momento futuro, es "sea lo que sea". Cuando uno habla del momento pasado, es "fuera lo que fuera". Por ejemplo: -Voy a abrir el frigorífico y voy a comer lo primero que encuentre, sea lo que sea. (momento futuro) -Abrí el frigorífico para comer lo primero que encontrara, fuera lo que fuera (momento pasado). Este tipo de construcción se puede usar con otros verbos y otras construcciones relativas: -Lo buscaré por toda la casa y lo encontraré, esté donde esté (no matter where it is) -Lo busqué por toda la casa para encontrarlo, estuviera donde estuviera (lo mismo, pero hablando en tiempo pasado) -Lo voy a hacer le pese a quien le pese (I'im going to do it, no matter who may disagree-litterally "no matter who might find it heavy", with the verb "pesar"). -Lo intenté hacer le pesara a quien le pesara (en tiempo pasado). La construcción "sea lo que sea" o "le pese a quien le pese" puede usarse también cambiando el subjuntivo del segundo verbo por el "futuro de subjuntivo" (la forma en -are o -ere) en lenguaje muy pedante, refinado o literario. Casi nunca se usa en el lenguaje hablado a no ser que quieras dártelas de catedrático pedante, de abogado o quieras imitar un lenguaje arcaico medieval o cervantino. En tal caso se diría "sea lo que fuere", "esté donde estare", "le pese a quien le pesare". El más utilizado de los casos es "sea lo que fuere", pero aún así "sea lo que sea" es lo más común en el lenguaje hablado. Esta sustitución no se puede usar en el pasado. "Fuera lo que fuere"* es incorrecto.

El futuro de subjuntivo es un tiempo verbal que apenas se usa aparte de en el lenguaje jurídico de los abogados en ciertos casos sustituyendo al presente de subjuntivo. Por ejemplo en la constitución española se puede leer "Cuando se propusiere la revisión total de la Constitución..." en el artículo 168. En el lenguaje más común se diría "cuando se proponga", pero dado que es un texto jurídico, se usa "propusiere". También se usa en algunos proverbios o refranes, como "donde fueres, haz lo que vieres" (When in Rome, do as Romans do). El último uso es el mencionado de la construcción del tipo "sea lo que fuere" en lugar de "sea lo que sea", pero como dije no es común en el lenguaje hablado corriente y este uso suena un tanto pedante. El futuro de subjuntivo no se suele oír en el lenguaje hablado excepto en unos pocos refranes o proverbios.

En realidad, ninguna... La forma correcta es "sea lo que fuere". Aunque como puedes ver, muchas personas lo dicen de otras formas.

Bueno, solo aclarar que "fuera" es el Pretérito Imperfecto de Subjuntivo y "fuere" es el Futuro de Subjuntivo. Espero que sea de ayuda.

"Fuere lo que fuera" y "fuere lo que fuere" son formas muy extrañas. Lo más común en el lenguaje hablado es "sea lo que sea". En un lenguaje más pedante o refinado se puede oír "sea lo que fuere". Pero "fuere lo que fuera" o "fuere lo que fuere" suena ya demasiado forzado. Dado que el futuro de subjuntivo apenas se usa en el lenguaje hablado, puede haber gente que al tratar de utilizarlo y lo emplee de formas un tanto extrañas. En cambio "fuera lo que fuera" es un uso perfectamente normal, en cualquier registro, tanto el coloquial como el formal, y es el equivalente de "sea lo que sea" cuando se habla del tiempo pasado.