Creo que eso depende de la situación, y en inglés dependería más en el énfasis, o de la entonación dudosa que pones al momento de hacer o decir la oración.
Por ejemplo, en el primer caso podrías usar "what..? Do you think I'm a thief?" "Qué...? Piensas que soy un ladrón?"
En el segundo en vez de mantener un mismo tono al hacer la pregunta, podrías hacer como una subida de tonos a medida que dices cada palabra, para transmitir ese sentido de duda "is he your dad?" Is: un tono. He: Un tono más alto. your: un tono más más alto. dad?: un tono más más más alto. haha no sé si me hago explicar.
O podrías usar "I was wondering" "I was wondering... are you a high school senior?" (Me estaba preguntando... estás en el último año de colegio?). Pero creo que más fácil y común es jugando con tu voz, y tratando de transmitir tus dudas por medio de diferentes entonaciones al hacer la pregunta.