hermanar.
1. tr. Unir, juntar, uniformar. U. t. c. prnl.
2. tr. Establecer relaciones fraternales entre personas o instituciones. U. t. c. prnl.
3. tr. Establecer lazos de amistad y cooperación entre dos municipios o poblaciones relacionadas por su toponimia, historia, rango o por cualquier motivo.
juntar.
(De junto).
1. tr. Unir unas cosas con otras.
2. tr. Reunir, congregar, poner en el mismo lugar. U. t. c. prnl.
3. tr. Acumular, acopiar o reunir en cantidad. Juntar dinero, víveres.
4. tr. Entornar, cerrar una puerta o una ventana sin echar llave o pestillo.
5. tr. C. Rica. Recoger un objeto del suelo.
6. tr. C. Rica. En las carboneras, sacar carbón.
7. prnl. Arrimarse, acercarse mucho a alguien.
8. prnl. Acompañarse, andar con alguien.
9. prnl. Tener el acto sexual.
unir.
(Del lat. unīre).
1. tr. Juntar dos o más cosas entre sí, haciendo de ellas un todo.
2. tr. Mezclar o trabar algunas cosas entre sí, incorporándolas.
3. tr. Atar o juntar una cosa con otra, física o moralmente.
4. tr. Acercar una cosa a otra, para que formen un conjunto o concurran al mismo objeto o fin.
5. tr. casar (‖ autorizar el matrimonio de dos personas).
6. tr. Dicho de un padre o de un superior: Disponer el casamiento de alguien que está bajo su autoridad. U. t. c. prnl.
7. tr. Concordar o conformar las voluntades, ánimos o pareceres.
8. tr. Agregar un beneficio o prebenda eclesiástica a otra.
9. tr. Med. Consolidar o cerrar la herida
Son sinónimos pero con pequeñas diferencias
Hermanar es mas bien algo muy cercano, mucho más personal.
Juntar es poner unas cosa, personas, etc. junto a la otras.
Unir es poner dos o más cosas uniéndolas o mezclandolas.
P.D. Eso según mi punto de vista siempre, si alguien lo puede mejorar,( que siempre es mejorable) por favor que lo haga