La 3 y la 4 son correctas, aunque a mí me suena mejor la 3. *
Además de eso, recuerda que se puede conjugar el imperfecto de subjuntivo (y por tanto el pluscuamperfecto) con la terminación en -ra o en -se: comiera, comiese / hubiera, hubiese / cantara, cantase.
*Te pongo este texto extraído del foro de Instituto Cervantes:
En el Diccionario panhispánico de dudas, la entrada 'si', 1.1.2 b): «Si la condición se refiere al pasado, la prótasis va en pretérito pluscuamperfecto o antepretérito de subjuntivo y en la apódosis se emplea este mismo tiempo, preferentemente la forma en -ra, aunque también se admite la forma en -se:
Si hubiera/hubiese tenido dinero, me hubiera/hubiese comprado un coche;
el condicional compuesto o antepospretérito:
Si hubieras/hubieses estudiado, habrías aprobado;
o el condicional simple o pospretérito:
Si hubiera/hubiese terminado los estudios, hoy tendría un trabajo mejor.