Ambos son hipónimos de "olor" y PUEDEN solaparse en su uso con ciertos sujetos (por ejemplo: tanto "el aroma de las flores" como "la fragancia de las flores" suenan bien), pero "aroma" se aplica de modo más general que "fragancia", por ejemplo a los guisos, a los asados, y a las especias, y puede ser un olor "fuerte", aunque siempre AGRADABLE. Creo que en español nadie diría "*la fragancia del asado", "*la fragancia del café"; diríamos "el aroma del café", "el aroma del asado", etc. La palabra "fragancia" también nombra un olor agradable, pero suave y delicado, y por eso se aplica a los perfumes frescos, a las flores, y a algunas frutas. Los olores no agradables o claramente desagradables NO son "aromas" ni "fragancias", sino "olores", o peor: "tufos", "pestes", etc.