En referencia al precio o valor de las cosas:
"¿Cuánto cuesta... (algo)?" es una pregunta relacionada con el valor de algo o de una cosa. Por ejemplo: "¿Cuánto cuesta el kilo de manzanas?
"¿A cuánto está... (algo)?", es también una pregunta para saber el precio. Por ejemplo: "¿A cuánto está el kilo de manzanas?
Como ves, la utilización de ambas es la misma, aunque por hacer alguna diferencia te diría que la pregunta "¿A cuánto está... ( hoy algo)?" se utiliza más en precios que varían de un día para otro, como por ejemplo en un mercado de pescado o de frutas... o también el precio de la gasolina.
Otra acepción de la pregunta "¿A cúanto está?" es que podría utilizarse para saber la distancia o el tiempo (duración), y que sería equivalente a "¿A qué (distancia) está?" o "¿Cuánto se tarda en...?". Así, "¿A cuánto está Moscú de San Petersburgo?" podría preguntar por la distancia o el tiempo que se tarda en llegar. Es, por tanto, una forma de preguntar más inespecífica.