Sí que hay diferencias. Pondré un ejemplo:
A propósito, he visto a tu madre ayer.
Por cierto, he visto a tu madre ayer.
En la primera frase, tú estás hablando de algo relacionado con su madre y al final terminas diciendo que la viste ayer. Así que está dentro del contexto de lo que hablabas anteriormente sobre su madre.
En la segunda frase, estás teniendo una conversación y saltas diciendo para terminar que viste a su madre ayer porque lo acabas de recordar, pero normalmente está fuera del contexto de la conversación que estás teniendo con esa persona.
Así que la diferencia sería que A propósito se usa para hablar de algo nuevo en el mismo contexto, y Por cierto se usa para cuando has terminado una conversación y quieres hablar algo nuevo fuera de contexto pero enlazando para que no quede raro.
A propósito tiene además otro significado: Por ejemplo:
Hiciste eso a propósito.
Esta frase significa que hiciste algo queriendo, no por casualidad, a drede, a posta.
También, Por cierto también significa De verdad.
Espero que te haya servido.