Sí y no, Mohammad. Me explico, te detallo los distintos significados que puede tener cada oración. Verás que algunos significados son comunes a algunas de ellas y otras no...¿de qué dependen los diferentes significados de una misma oración? Como siempre, del contexto, la situación, la intención...
1.- Es posible (tengo dudas) que Juan SÍ haya venido
2.- Es posible (tengo dudas) que Juan SÍ haya venido/ Juan NO ha venido, pero a mí me gustaría que hubiese venido
3. (Juan ha podido venir)Es posible (tengo dudas) que Juan SÍ haya venido /Juan ha conseguido venir, lo sé seguro
4.- Es posible (tengo dudas) que Juan SÍ haya venido / Juan NO ha venido, pero a mí me gustaría que hubiese venido (y se lo recrimino, posiblemente)
Como ves, todas comparten el primer significado, pero además tienen otros significados que no comparten.