Yo distingo entre "probablemente" y "es probable que". Con "probablemente" siempre tendrás dos opciones, el uso de indicativo o el uso de subjuntivo, dependiendo de si la persona la crea o no, la idea que está intentando transmitir.
Sí, probablemente, y de seguro, es la mejor idea que tenemos de momento.
Sí, probablemente sea la mejor idea que tenemos pero ya veremos sobre la marcha.
A veces no hay una respuesta más correcta que la otra, siempre dependerá de si la persona habla con certeza y convicción y sin duda.