Ja, eigentlich sind es heute Synonyme.
"Lustig" kommt von "die Lust" (delight, pleasure).
"Witzig" kommt von "der Witz" (joke, wit, reason). "Witz" bedeutete früher, dass jemand/etwas "intelligent" war. Wir haben auch das Wort "gewitzt" (smart, shrewd).