Depende del contexto. Sin contexto son similares.
"Hay alguien con el pelo negro? / hay personas con el pelo negro? ", emphasize is in the subject. Como si buscaras en un montón de fotos a alguien con el pelo negro. "hay alguien..." "hay personas..."
Using "hay personas que tienen el pelo negro?" , the emphasize is in the fact of having black hair. "... Que tengan...", alguien que lo tenga, usted no sabe con certeza.
Lo mismo ocurre con tener los ojos azules, o buscar si hay personas que tienen los ojos azules.
Más natural:
Cuál es el color de sus ojos /pelo?
De que color es su pelo?
De que color son sus ojos?
Que color de ojos/pelo tienes?. Es muy directo y puede sonar mal en un contexto formal.