Потому что так называется животное. «Кот»- это обозначение половой принадлежности, а «кошка»- общее название. Есть ещё понятие «большие кошки». Так говорят о тиграх, львах и прочих, которые относятся к семейству кошачьих. Не к семейству котовых))
Аналогично с лошадьми, коровами, собаками. Просто в некоторых случаях само название животного имеет женский род и не совпадает с названием мужской особи.