Mirreia,
como veras de las distintas respuestas que has recibido hay varias opciones,
muchas muy parecidas, y todas gramaticalmente correctas.
Es una cuestion de estilo linguistico cual elijas como la propia.
En mi caso yo diria:
1. Siento haber tardado tanto tiempo en responder tu mensaje.
2. Siento contestar su mensaje despues de tanto tiempo.
3. Siento contestar su mensaje despues de tanto tiempo transcurrido.