Pensar = think about, think of. It means that you are using your brain.... just thinking.
Eu penso em você todos os dias - I think about you everyday
Achar = something you think it is, but you have doubt.
Eu acho que te conheço você, mas não tenho certeza - I think I know you. But I´m not sure!
Então, usando o exemplo que você deu e te corrigiram, realmente é melhor usar "eu acho que sim", pois você não tinha certeza, você tinha dúvida.
Você conhece ela? = Do you know her?
Eu acho que sim = I think so.
Você pensa nela? - Do you think about her?
Sim. Eu penso nela todos os dias - Yes. I think about her everyday.