Come va?
è una forma "contratta" di "come vanno le cose" o "come va la vita", e, in teoria, si può tradurre letteralmente con "how's everything?"
Come stai?
è la forma più comune ed è l'equivalente di "how are you?".
Il significato è lievemente diverso ma vengono usati nel parlato comune nella stessa accezione, ossia per chiedere ad una persona "come sta" in generale :)
ps, va è sempre minuscolo in questa forma.