A nivel de gramática no son iguales.
Hay tres modos en Español: el indicativo, el subjuntivo y el imperativo.
Cuándo dices "cuídate" estas usando el modo imperativo que se usa para dar una orden. En este caso se hace de forma cariñosa, pero se puede usar de cualquier forma.
Ejemplos de Imperativo : Obedece/ Escúchame / Vete
Cuando dices "te cuidas" no estás dando ninguna orden, simplemente estas constatando un hecho. Otra cosa es que coloquialmente haya hablantes que la usen con esa intención, pero gramaticalmente no la tiene.
Un Saludo