Básicamente son lo mismo, pero depende de si está ANTES o DESPUÉS de ciertas palabras. Por ejemplo, si va ANTES de un sustantivo SINGULAR (sin importar si es masculino o femenino), se usa "cualquier". Ejemplo: cualquier cosa, cualquier lugar, cualquier persona, etc.
Pero si va DESPUÉS de un sustantivo o nombre en singular (sin importar si es masculino o femenino), se usa "cualquiera". Ejemplo: una casa cualquiera, un lugar cualquiera, una persona cualquiera, etc.