1) Ich stehe (immer) früh auf außer am Wochenende. Wie Du bei 1) siehst, heißt es "am Wochenende". Nun kann man aber nicht "bis auf am" sagen, daher müßtest Du 2) ein bißchen ändern: 2) Ich stehe (immer) früh auf bis auf Samstag und Sonntag. Besser wäre ein Beispiel wie dieses: 1) Ich esse alle Arten von Nudeln außer Spaghetti. 2) Ich esse alle Arten von Nudeln bis auf Spaghetti. Nein, es gibt keinen Unterschied. Ein Komma setzt man nur, wenn nach "außer" oder "bis auf" ein vollständiger Satz oder eine Infinitivkonstruktion folgt.