Creo que la duda surge porque el término "check-in" tiene un significado más amplio que el de facturar.
Me explico, el término inglés engloba personas y objetos, mientras que en castellano se registran personas y se facturan los objetos.
Cuando hago el "check-in" en un aeropuerto, en realidad me registro en el vuelo y facturo mi equipaje (de hecho, recibo una factura que demuestra que he entregado mis maletas a la compañía aérea). En un hotel el cliente sólo se registra porque habitualmente no entrega su equipaje.