1) Ici il faut un indicatif: "…toujours est-il que le temps EST menaçant." Cette structure indique que l'énoncé de la conclusion est différent de ce qu'on aurait pu attendre. Ex. "Il se dit être plombier toujours est-il qu’il a endommagé ma salle de bain!"
2) Ici le présent est utilisé pour décrire soit une situation qui se déroule vraiment au moment du discours "Les gens sont en train de parler et on constate qu’ils ne disent pas ce qu’ils pensent ", soit une vérité considérée comme générale "Les gens parlent, le plus souvent, sans dire réellement ce qu’ils pensent."
Un passé serait grammaticalement correct, mais il donnerait un sens différent à la phrase :
"Que de gens ont parlé autrement qu’ils ne pensent."
Les gens ont parlé mais n’ont pas dit ce qu’ils pensent réellement (encore aujourd’hui).
"Que de gens ont parlé autrement qu’ils ne pensaient."
Les gens n’ont pas dit ce qu’ils pensaient réellement (à ce moment-là).
3) Il faut un indicatif. Ex. "Au fur et à mesure qu’il grandit, il ressemble de plus en plus à son père." ; "... qu’il grandissait, il ressemblait …" ; "... qu’il grandira, il ressemblera …". Ou encore un conditionnel: "... qu’il grandirait, il ressemblerait ..."