¡Hola!
En español, lo correcto es decir "estás en mi corazón". Si quieres emplear "eres" tendría que ser "eres mi corazón", lo cual cambia un poco el sentido de la oración.
Lo que yo entiendo es que "estás en mi corazón" quiere decir más o menos que la persona a la que se lo dices es parte importante de tu vida. Por otro lado, "eres mi corazón" es un poco más fuerte que "estás en mi corazón" porque generalmente le decimos "eres mi corazón" a alguien a quien amamos porque sabemos (obviamente) que el corazón es vital para el ser humano.
Espero haberte ayudado y no haberte confundido con mi explicación. ¡Suerte! C: