这两年内你/有/去过北京吗？ 这两年内我没去过，但是三年前我/有/去过

正确。但是，“这两年你去过北京吗？没有，但是三年前去过”，这样更地道些。

这两句话都很正确，但是，不知道你是否真的明白这两句话的含义。比如Hope改成了“这两年内我没去”和你说的“这两年内我没去过”有什么区别？如果说成“这两年我没去过”和“这两年内我没去过”又有什么不同？

-->这两年内我没去，但是三年前去过