Los matices son muy pequeños, la verdad. Yo usaría era para describir un período extenso, de muchos años, durante el cual se han desarrollado acontecimientos del mismo tipo, también se utiliza en el campo científico. Por ejemplo, la era de la información (en la que se producen avances tecnológicos que modifican cómo interactuamos y obtenemos información).
En mi opinión, época se refiere a un período generalmente más corto. Además, época tiene un uso más completo. Puede ser sustantivo (En la época de los samurais...) o adverbio (Esa ropa es de época —significa que es antigua o clásica—), y se utiliza también para referirte a un momento de tu vida (En la época durante la cual trabajé en el cine...).
Espero haberte podido ayudar.