Tu lo has dicho. Los pronombres de objeto directo ( o de acusativo) se refieren a una cosa o persona masculina o femenina respectivamente, pero "le" es un pronombre de objeto indirecto (dativo) que sirve tanto para el masculino como para el femenino. En la frase que citas, tenemos : poner (verbo en infinitivo) color (complemento directo) a algo ( complemento indirecto) y el pronombre "le" que sirve para reforzar el sentido de la frase.
"Poner color a algo" no sería incorrecto, pero "ponerle color a algo" es mucho más expresivo, mas español.
El "le" no se refiere a una persona. Se refiere a "algo". Recuerda que "algo" es invariable y que el género en español no es solo para personas, sino también para objetos, paises, ciudades, accidentes gegráficos etc.
Querido Mario:
El dativo es el caso del complemento indirecto, y en tu frase, Vanessa es el objeto indirecto de la acción.
Mario (sujeto) propone matrimonio (complemento directo y complemento de especificación) A Vanessa (complemento de fin) . En este caso, la preposición A si actua como vínculo entre el sintagma verbal y el sintagma nominal, y aunque proponer sea un verbo transitivo admite un CI. La respuesta adicional que da Vanessa en tu frase "ya no le quiero mas" es profundamente incorrecta en español. Es "ya no lo quiero" usando lo, pronombre complemento directo. No se dice, "no le quero" sino no lo quiero o no la quiero. El usar el le en estas frases es un defecto que se llama "leismo".
¡Ahora entiendo por que dices que un pronombre indirecto se puede referir a un objeto indirecto!
Para finalizar un ejemplo donde se mezclan los dos complementos, para que veas la diferencia,:
"La veo venir, y le digo que se calle"