El modo indicativo expresa la realidad.
El modo subjuntivo expresa el mundo de las emociones, los deseos, los juicios de valor, las suposiciones, etc.
"por lo que sé" y "que yo sepa", significan lo mismo pero con matices distintos. El segundo es más especulativo e incluso se puede usar con un tono irónico ( Que yo sepa, nadie te ha pedido un consejo) , mientras que el primero es más firme y simplemente informativo.
Espero haberte ayudado :)