どちらも“你”(you)の意味ですが、使う場合とニュアンスが違います。
君:
同等または目下の相手に対して使います。普通は、男が使います。
親しみのある言い方ですが、他人に文句を言う際に、使われることもあります。
例)君、最近どうしてる? ...親しい感じ
例)君、ちょっとどいてくれ。 ...批判する感じ
あなた:
2つ場合があります。
(1)同等または目下の相手に対して使います。丁寧な表現ですが、やや他所よそしい感じになります。
例)あなたは、どうしますか?
(2)夫婦の間で、親しみと敬意をもって、妻が夫を呼ぶときに使います。
例)あなた、ご飯ですよ。