Aunque los dos son en tiempo pasado uno se utiliza cuando lo acabas de hacer.....Ejemplo -----.Estaba comiendo.....cuando ya paso mas tiempo y hablas de ello utilizas Estuve Comiendo.
Fue----- es un tiempo pasado del verbo de acción ser en español que es de naturaleza imperfecta, cuando se habla y se asegura cuando sucedio.
Era- --- es un tiempo pasado imperfecto de ser que se usa cuando uno no está seguro de un comienzo o final definitivo de un evento.