"era" y "fue" corresponden a diferentes tiempos del Modo Subjuntivo en español.
"era"= es el verbo "ser" conjugado en el Pretérito imperfecto del Modo Indicativo:
Yo era,
Tú eras,
Él / ella era,
Nosotros éramos,
Ustedes eran,
Vosotros erais,
Ellos / ellas eran.
"fue" = es el verbo "ser" conjugado en el Pretérito perfecto simple del Modo Indicativo:
Yo fui,
Tú fuiste,
Él /ella fue,
Nosotros fuimos,
Ustedes fueron,
Vosotros fuisteis,
Ellos / ellas fueron.
Como Usted puede ver, los tiempos de conjugación son diferentes, como también la perfecta aplicación de su uso será diferente de acuerdo a lo que se quiera expresar.