Projekt Gutenberg hat "Ausgewählte Fabeln" und andere Texte (z.B. "Nathan der Weise") http://www.gutenberg.org/ebooks/author/990 Ich weiß nicht, wieviele Fabeln er insgesamt geschrieben hat. Vermutlich gibt es auch keine Webseite, die wirklich alle Fabeln hat.

Eine Site mit einer Auswahl an Fabeln von Lessing findest Du z.B. hier: http://www.udoklinger.de/Deutsch/Fabeln/Lessing.htm Oder Du suchst selber in einem Onlinekatalog einer Bilbiothek, wie z.B. http://katalog.ulb.hhu.de/primo_library/libweb/action/search.do?vid=DUE_ULB&fromLogin=true mit den Stichwörtern Lessing + Fabel. So kommt auch eine große Auswahl zum Vorschein ;-)