「ありがとうございます」と「ありがとうございました」は、日常使う分には、ほとんど区別がないように思います。
ただ、しいて言うなら、「ありがとうございました」の場合、何か感謝をする相手の行動(活動・状態)が完了してから言う言葉のように思います。
ただ、厳密にこの、ありがとうございます・ありがとうございました、をきちんと使い分けている人は、それほどいないと思います。
対して、「お疲れ様でした」は、相手が仕事や課題などを完了したときや、自分が仕事場から誰かよりも先に帰る時に、あいさつとして通常言っています。
なので、「お疲れ様でした」は、どちらかと言うと、感謝の言葉ではなく、相手を労うための言葉だと思います。