regarde le problème différemment,
Y = à cet endroit ou à cet activité
en = une partie de cette chose ou quantité
On dit "qu'est-ce que tu en penses?" parce qu'on veut savoir ton opinion sur au moins une partie du sujet discuté.
Si je dis "j'y pense" ça veut dire que je réféchi à tout le problème. La phrase est complète. (=I'm thinking about it) Mais si je dis "j'en pense que..." ça veut dire "mon opinion sur le sujet est". La phrase n'est pas complète.
Ce n'est pas possible de dire "qu'est-ce que tu y penses ? Mais tu peux demander "est-ce que tu y penses?" (=Do you think about it - all-)