The difference is in terms of the function of these two words...
مسلمون= is used in the subjective case..as it is used as ( subject, the adjective of a subject noun)..for example..
هؤلاء الأشخاص مسلمون
نحن مسلمون
يؤدي المسلمون خمس صلوات في اليوم
مسلمين= is used in the objective case..( as an object of a verb, an object of a preposition..)..examples.
أحب المسلمين
شاهدت مسلمين يصلون الجماعة في باحة المسجد
من المسلمين علماء وأطباء ومهندسون
وجدت استقبالا كريما من اصدقائي المسلمين
شرب الخمر محرم عند المسلمين