"Ovvero" e "Ossia" sono perfettamente intercambiabili.
"Cioè" ha grosso modo lo stesso significato ma lo associo più ad un registro colloquiale, inoltre è spesso usato quasi come "tappabuchi" o intercalare nel parlato, paragonabile all'inglese "I mean".
In quest'ultima accezione non si può sostituire con "Ovvero/Ossia".
e.g.
- Cioè, ti presenti con mezz'ora di ritardo e nemmeno avvisi?
- Non proprio, cioè, ancora non sappiamo cos'abbia deciso.