En los libros Historia general de las cosas de Nueva España e Historia Natural de la Nueva España ya se tenían documentadas plantas y su uso medicinal, como la siempreviva usada para tratar cataratas y la flor de manita como auxiliar en problemas del corazón.
En el siglo XVI se escribió el Códice De la Cruz-Badiano y en el siglo XVII libros de medicina que hablan sobre plantas muy usadas en la actualidad, como la manzanilla y la yerbabuena. En el siglo XVIII se dictó La primera cátedra de botánica en México, con la cual se educó a los primeros estudiantes de lo que antiguamente era la Facultad de Medicina.
A final del siglo XIX se creó el Instituto Médico Nacional y, con él, el estudio científico de las plantas medicinales. En el siglo XX surgió el Instituto Mexicano para el Estudio de las Plantas Medicinales, y la etnobotánica médica que trajo consigo la formación del primer herbario de flora medicinal del país con más de 4 mil especies. Esto sirvió para tener validación científica de los usos populares de las plantas y, como resultado, productos con sus compuestos.
Existen plantas que no son inocuas: El codo de fraile, por ejemplo, es muy dañina y se utiliza mucho en productos para adelgazar.
Es importante que los médicos familiares tengan formación sobre herbolaria para conocer qué es lo que utiliza parte de la población; por ello, es valioso participar de cursos monográficos sobre medicina tradicional y herbolaria. Así, médicos y gente de las comunidades hicieron mini-herbarios para conocer sobre estas plantas y sus compuestos, cuáles son peligrosas y cuáles son benignas.