「日程」と「変更してもらう」は別の文節ですから、どちらにも「お(ご)」を付けても大丈夫です。二重敬語にはなりません。
→ ご見学のご日程をご変更いただき、ありがとうございます
「ご変更いただく」の中の「変更」は、「変更する」という漢語のサ変動詞語幹です。ですから、意味としては「変更してもらう」という意味しかありません。そして、これは尊敬語ではなく「謙譲語」です。
ただし、「いただく」のは自分ですから、「~いただいて、ありがとうございます」という表現は正しくないと主張する人もいます。そういう言葉にうるさい人たちのことも考慮すると
→ ご見学のご日程をご変更くださり、ありがとうございます
このように言ったほうがよいでしょう。