Il significato è simile: entrambi i verbi indicano l'azione di "montare con i piedi su qualcosa".
Si utilizzano però in situazioni diverse.
Pestare inoltre si utilizza anche nell'ambito culinario , ad esempio in certe preparazioni in cui è necessario appunto pestare qualcosa per ottenere una crema (ad esempio per fare il "pesto")
Si dice:
calpestare il prato, calpestare le aiuole...
pestare accidentalmente una cacca