Son similares, pero "compañía" se refiere más bien a empresas grandes (con muchos empleados). Podrías decir: "Trabajo en una compañía aseguradora" (si eres empleado en una gran aseguradora tipo Allianz, ...) o "Trabajo en una compañía eléctrica o de comunicaciones". En España sonaría un poco raro oír "compañía" aplicado a empresas muy pequeñas, aunque se entendería.