Estuve trabajando se utiliza para indicar algo que se hizo en un pasado.

Ej: Estuve trabajando durante toda la noche.

Normalmente se utiliza para dar explicaciones. 

Ej: - Pareces cansada.

  - Sí, dormí poco porque estuve trabajando toda la noche.

Aunque también puede usarse para una simple indicación, pero en pasado.

Su conjugación es irregular: Yo estuve trabajando, Tú estuvistes trabajando, Él/Ella estuvo trabajando, Nosotros estuvimos trabajando, Vosotros estuvisteis trabajando, Ellos estuvieron trabajando.

"Estaba trabajando" se utiliza para indicar que estabas haciendo algo en un tiempo concreto.

  - ¿Qué hacías a las 7:00pm?

  - Estaba trabajando a esa hora.

O para indicar una acción que fue interrumpida: 

  - Estaba trabajando cuando sonó el teléfono de repente.

Si necesitas algo más dímelo :)

Estaba trabajando translated in English would be 'I was working' and estuve trabajando would be 'I had been working'. Aunque la traducción no es exactamente esta porque en español también existen los tiempos 'he estado trabajando' y 'trabajé', en cambio en inglés no hay tantos tiempos y no sabría decirte la diferencia exacta.