It depends on the sentence. Most often it would be "on the list", though.
For example:
I don't see eggs on the list of food I need to buy.
vs
There are no nouns in this list of words.
В первом случае, мы говорим "on" так как говорится о физическом списке продуктов (вещей). Во втором случае, мы говорим "in" потому что речь идет о составе этого списка.
Знаю, звучит очень запутанно. В английском много таких нюансов, их просто надо почувствовать, к сожалению. Но если будете говорить "on the list", вы не ошибетесь и вас по-любому поймут!