Sí y no. Puesto que pueden tener os significados dependiendo del contexto.
1.- Son equivalentes con el significado de hacerlo contra tu voluntad, tú eres un obstáculo pero aún así lo haré.
2.- "A pesar tuyo" también puede significar "causándote dolor, disgusto". En este caso no funciona "a pesar de ti". Equivale a "a tu pesar". . A tu pesar (a pesar tuyo) descubrirás que ya no te quiere.