na prática aqui no brasil é a mesma coisa . mas na verdade há diferenças ,farmácia é onde vendem remédios somente pre-escrito pelo médico e pode possui laboratório para fabricar o remédio. já drogaria é onde vende remédios sem prescrição médica como por exemplo pirula para dor de cabeça , também vende coisas como band aid, gases, camisinhas,etc...
mas aqui no Brasil não tem essa diferença.