Non capisco perché il congiuntivo SIA usato qui. <-- qua il congiuntivo è necessario perché è retto da "non capisco", che esprime incertezza
"Marco è il ragazzo più grande che conoscO." è corretto, ed è ciò che direi io.
"Marco è il ragazzo più grande che conoscA." è accettabile, ma sinceramente la eviterei, proprio perché la giustificazione di quel congiuntivo è piuttosto debole
(costruzioni con il superlativo come "più grande che", "più alto che", etc. tendono a volere il congiuntivo, ma è una cosa facoltativa e complicata, che puoi tranquillamente ignorare. 9 persone su 10 utilizzerebbero l'indicativo nel tuo esempio)