рейс: " Мой рейс задерживается", "Рейс номер 23456 прибыл", всегда конкретный с номером, напровлением итд.
полет : (самолет) " Полет проходит нормально","Полет займет 3 часа", (птица) "Ее полет завораживает", (воздушный шар) " Во время полета открывается прекрасный вид". "Полет" -это сам процес нахождения в воздухе. Может быть "его третий полет в космос", но не " полет номер А328"
перелет: " Первый перелет через Атлантику был совершен в **** году", " Он совершил удачный перелет". Слово болие редкое, обычно так говорят об очень длинных полетах. Так же может пременятся к птицам. Приставка "пере" говорит о смене места, "перелет" не может закончится в точке старта, а "полет" может.
Удачи