Ich kann heute leider nicht kommen. - The most "neutral" way to say you can't make it.
Leider kann ich heute nicht kommen. - Stresses on the fact that you are sorry for not coming.
Heute kann ich leider nicht kommen. - Stresses on the fact that you can't make it TODAY and suggests that another day might be suitable.
Beide sind korrekt.
Das wichtigste ist es,dass das Verb in der zweite Postiton sein muss.