A veces, se pueden escuchar el uso cualquiera de estas frases, pues se suelen cometer algunos errores, pero teniendo en cuenta la gramática, la forma correcta sería: No se si ella vendrá hoy, porque se esta hablando de un tiempo futuro (aún no ha ocurrido). Sin embargo, como también expresa una incertidumbre, podría usarse el verbo venir en modo subjuntivo: No sé si ella venga hoy.
Espero te sea de ayuda!!